很多时候都是在使用过程中的不当操作导致的，比如：在设备重新启动的时候还没有将气体排尽就升压运行，或是设备与泵之间存在密封不严、漏水现象。这些都会造成严重影响。
正确的做法应是仔细检查，当发现有气泡时应立刻降压检查，重新启动运行设备是应在低压状态下将空气排尽后再缓慢升压运行。
二、工业反渗透超纯水设备关机方法有误
1、在关机的时候没有做清洗，此举会导致膜受到污染。
2、用添加了化学试剂的纯水冲洗会导致停运期间膜污染，所以准备停机时应停止化学试剂投放，并用预处理的水清洗干净。直至浓水与出水很接近。
三、反渗透的消毒与保养不足致使受微生物污染
如果是使用复合聚酰胺膜都会出现这样的情况，因为此种膜的耐余氯性比较差，还有就是人们对于微生物污染的防范意识不够强，若同时没有选择合适的氯等消毒剂就会很容易造成微生物污染。
四、工业反渗透超纯水设备余氯监测不力
1、加药泵失灵或是药效不好，亦或是在活性炭饱和时因余氯损坏膜。
2、清洗不及时与清洗方法不正确导致的膜性能的损坏所以，有鉴于此，在出厂时设备应用消毒液保养，设备安装完毕后需对整个系统消毒处理，并定期消毒保养。